La Chiesa del Tempio ha origini antichissime. Fin dall’XI secolo sorgeva al suo posto un hospitium per l’accoglienza dei poveri, costruito per volontà del sacerdote Bonuto e di Guido, conte palatino di Toscana. Il complesso fu donato nel 1111 all’abbazia di San Salvatore di Fonte Taona, con l’impegno per l’abbazia, tra l’altro, di dare un pasto a cento poveri il 9 Novembre di ogni anno in suffragio del conte Guido.

L’ospedale passò poi all’ordine dei Templari dal quale prese il nome di ‘Tempio’. Alla fine del Duecento è ricordato con il titolo di San Giovanni di Gerusalemme, mentre nel 1573, i suoi beni furono trasferiti all’Ordine di Malta.

Nel XVII secolo l’edificio fu radicalmente trasformato. La chiesa era annessa a quella di San Pier Maggiore e poi della Santissima Annunziata. Con la soppressione dell’Ordine di  Malta, per tutto il XIX secolo, gli edifici passarono a privati, fino a che nel 1902 vi fu aperto un oratorio dei Padri Salesiani, sostituiti nel 1907 dai Padri Stimmatini. Intorno al 1840 la chiesa ebbe cura d’anime, ma senza un proprio territorio, rimanendo compresa entro i limiti della parrocchia della Santissima Annunziata.